1. 自律组织的自利倾向
现代经济学之父亚当·斯密在《国富论》中说：“同行的经营者们很少聚到一起，即使为行乐和消遣，其谈话的内容也是以共谋损害大众或者以某种阴谋诡计抬高价格而告终。”这句经常被引用的名言，尖锐地指出同业者之间的卡特尔倾向。行业协会会牺牲其他人的利益而过分维护自己成员的利益，由以从业者为基础的组织蜕变为关系密切的俱乐部或卡特尔，这是人们对自律机制的主要顾虑。
2. 自律组织存在自我瓦解的隐患
参加行业协会的成员都是独立的经济主体，在行业协会这个利益群体的内部，必然存在角色差异、行为差异和利益差异。虽然大家都清楚“没有规范性约束的自我利益的追求会使所有有关各方的自我利益都遭受挫折”，但有些情况下，突破自律规则会给成员方带来很大的好处。这在经济学上有一个“交通红灯”理论，个别成员因利益驱使突破自律规则，其它成员就会群起仿效，致使行会自我瓦解。
3. 自律组织缺乏强制执行力
行业协会虽然可以做出决议，但没有足够的权力阻止协会成员从事被禁止的行为。为维持行业的纪律与秩序所施加的社团罚只能基于法律所赋予的社团自治权限。因为行业协会没有被立法机构赋予调查、起诉或惩罚错误的权力，因此，由这些机构制定的行为规章“缺少牙齿”。事实上，对社团罚的法律性质和司法审查，一直是民法上值得深入研究的问题。
4. 政企不分，定位不明
我国行业协会的建立深受原来计划经济的影响，目前大部分行业组织都由政府的行业主管部门脱胎而成，在政府的授权或委托下承担部分行业管理职能，作为政府部门的外延，在人员、经费、职能等方面都要依赖于政府主管部门。事实上，还有一些行政部门采用指定协会领导人的做法，甚至把行业协会当作安排本部门离退干部和富余人员就业的场所，行业组织也总是喜欢把自己摆在“二政府”的位置，去组织和管理会员企业，而忽略了对企业利益的维护。协会的协调沟通职能、自律职能只是纸上谈兵。或者是本应赋予行业协会的管理职能仍被政府的行政管理部门牢牢地抓在手中，行业协会没有相应的权力，既没有惩罚的手段，也没有奖励的手段。对于有些行政管理部门来说，组建和控制行业协会，并不是为了实施行业管理，也不是为了给会员企业提供服务，而仅仅是为了在新形式下保留计划体制时期它们拥有的权利和既得利益。此外，企业自身也没有认识到行业协会的作用和重要性，不懂得利用行业协会保护自己的利益，而政府也不对企业进行必要的教育和引导。这样，就在行业协会的“无用”与企业的“消极”之间形成了恶性循环：由于行业协会无用，企业不承认，由于企业不承认，行业协会更无用。
5. 混乱的市场准入制
严格的市场准入制是成熟的市场经济的特征之一，行业协会应该管理或者争取管理市场准入，制定行业的严格的市场准入制度和市场准入标准。严格的市场准入标准，可以使行业协会拥有这样的权利，即组织企业联合起来，运用经济办法制裁那些非法进入市场的不合格企业与产品，以保护合格产品、合格企业、合法权益。但目前的实际情况是，政府有关部门缺乏必要的专业知识，不根据市场的实际容量，滥用市场准入的公权，追求虚假繁荣，只批不管，使行业内企业良莠不分，造成恶性竞争此起彼伏，市场一片混乱。
6. 法律保障地位的缺乏
目前我国《社会团体登记管理条例》主要是针对社团登记的管理，缺乏明确的行业协会的准入规则。《条例》的规定过于原则和概括，把商业性行业协会与政治性、学术性组织混淆在一起，缺少对行业协会这一类社会团体有针对性的规范，缺乏可操作性。各行业协会由登记机关和业务主管部门双重管理，各业务部门在没有高等级立法的指导下分别制定管理办法又容易产生新的矛盾冲突。1989年《社会团体登记管理条例》出台，当时全国性的社会团体由“文革”前的近百家发展到1600多个，地方性社会团体由6000多个发展到20多万家。到2000年底，在民政部登记注册的全国性社会团体已有1850个，其中全国性的工商业行业协会就达288个。但正如该《条例》的名称一样，这种“管理”基本只限于社团组织的登记程序阶段，对于社团的功能和对于社会、特别是对行业如何进行影响和引导几乎没有涉足。到1998年重新修订该《条例》，仍然只是强化了社团组织的市场准入程序方面的行政审批职能。今天看来，由于有限责任公司和外商投资企业的纷纷出现，《条例》已经大为落后和陈旧，由此看来，目前工业经济类行业协会的生存与发展还存在着一定的法律障碍和缺陷，鉴于此，立法部门制定专门的《经济协会法》或者是《行会法》已迫在眉睫。
7. 行业协会的代表性
由于立法的滞后以及市场准入的无序，造成一方面市场上充斥一大批各种类型且分属不同所有制的企业，它们左冲右突，各显其能，经营方式各不相同，经营手段层出不穷，低水平或低层次的竞争此消彼长，从表象看，轰轰烈烈，有声有色，其实对行业的发展与规范危害极大。另一方面，由于目前的行会是自愿加入而非强制性加入的自律组织，对行会外的同业企业无约束力，仅有先进性但缺乏代表性，因此对整个行业的现状及规模心中无数，难以提出行业的发展规划和指导行业的规范化经营，更无从谈起维护行业的群体利益，为政府制定产业政策提供依据。这类行业在现代市场经济中，在经济全球化的进程中，很难有所作为。
8. 政府机构职能转变与行业管理之间的脱节
在二元化的社会结构下，政府往往必须直接面对广大的独立营运的企业，所以其负担极为沉重。政府职能的转变也由于这种结构性的欠缺而失去稳妥的着陆点，这种滞障的后果体现在直接为迎接入世而进行的法律法规修改时，由于缺少行业协会的承接，使得广大企业和群众造成一种错觉，即：法律法规修改掉的内容都是错误的东西，而不是仅仅根据WTＯ规则不能再以政府行为和法律成果表现的内容。这种滞障的后果体现在对待行政审批的态度上，就是单纯的无限度地约束着本国政府各部门、各地区的行为，以追求行政审批被去掉的数量为主要目的（其间有许多属于只要由行业协会等组织承接，就能继续发挥保护国家根本利益甚至政府利益的审查、审批和许可，也被彻底丢掉和废止），从而彻底开放了国门。这种滞障的后果体现在入世后如何对广大企业的正确有效引导上，由于政府不能再出面发号施令，广大企业只好自行其事，甚至惶惶然、茫茫然、无奈地面对外资的大举进攻。